PCR实验室原则上分为四个单独的工作区域：试剂贮存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配置和扩增区、扩增产物分析区，为了避免交叉污染，进入各个工作区域必须严格遵循单一方向进行，即只能从试剂贮存和准备区→标本制备区→扩增反应混合物配制和扩增区→扩增产物分析区，各实验区之间的试剂及样品传递应通过传递窗进行。
PCR实验室并没有严格的净化要求，但是为避免各个实验区域间交叉污染的可能性，适合用全送全排的气流组织形式。同时，要严格控制送、排风的比例以保证实验区的压力要求。
1、实际贮存和准备区：PCR实验室主要进行的操作为贮存试剂的制备、试剂的分装盒主反应混合液的制备。试剂和用于样品制作的材料应直接运送到这个区，不得经过其他区域。试剂原料必须贮存在本区内，并再本区内制备成所需的贮存试剂。该区对与气流压力的控制没有严格的要求。
2、标本制备区：该区域主要进行的操作为样本的保存、核酸（RNA、DNA）提取、贮存及其加入值扩增反应管和测定DNA的合成。压力梯度要求为：相对领巾区域为正压，以避免从邻近区进入本区的气溶胶污染，另外由于在加样操作中可能会发生气溶胶所致的污染，所以应避免在本区内不必要的走动。
3、扩增反应混合物配制和扩增区：该区域主要进行的操作为DNA扩增，此外，已制备的DNA模板（来自样本制备区）的加入和主反应混合液（来自试剂贮存和制备区）制备成反应混合液等也可以在本区内进行。本区的压力梯度要求为：相对于邻近区域为负压，以避免气溶胶从本区漏出。为避免气溶胶所致的污染，应尽量减少在本区内的布必要走动，个别操作如加样等应在超净台内进行。
4、扩增产物分析区：该区域主要进行的操作为扩增片段的测定，本区是主要的扩增产物污染来源，因此对本区的压力梯度要求为相对邻近区域为负压，以避免扩增产物从本区扩散至其他区域。

进入实验室区域工作人员应该按照以下路径：

公共清洁区→更衣间（更换洁净服）→缓冲间→污染实验区

工作人员退出实验室的路径为：

污染试验区→缓冲间→淋浴间（有条件的可设置）→更衣间→公共清洁区