微生物实验室应设置成独立的区域，与其他实验室分开，门口应设有门禁，非相关人员不可进入，各室根据工作内容合理布局，既方便工作又互不影响。

1. 准备室

准备室用于配备培养基和样品处理等。主要配置有实验台、专柜、冰箱、电炉和电源、上下水道、加热器、蒸锅，洗刷器皿、洗刷用剂等。

2. 普通实验室

普通实验室用于微生物的观察、计数和生理生化测定工作。普通实验室的布局由建设方实际工作需求而定，一般配置以显微镜、实验台、试剂柜等。

 3. 灭菌室

灭菌室用于培养基和各种器具的灭菌。主要配置有高压蒸汽灭菌器、烘箱等。

4. 恒温培养室

⑴ 培养室设计：培养室应有内、外两间，内室是培养室，外室是缓冲室；内外室的室中央都要安装紫外线灯，用以灭菌；安装恒温恒湿机，维持室内温湿度需求；内外室的隔墙上方要设置带空气过滤装置的通风口。

⑵ 培养室设备用具：内室配备培养架和摇瓶机（摇床）；外室配备专用工作服全套装备、手持喷雾器、5%石炭酸溶液、70%酒精棉球等。

5. 无菌室

菌种的接种移植、纯化在微生物实验中是一项重要操作，无菌室正是为保证菌种纯种、防止杂菌的污染而设置的。

⑴无菌室应有内、外两间，内间无菌室，外间缓冲室。内外间容积宜小不宜大，以便于空气灭菌。

⑵ 应在内间入口处的上方设置通气窗，有条件的也可安装恒温恒湿机。通气窗*好为双层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式窗扇。

⑶内外间的隔墙上可安装传递窗，以减少人员进出、降低污染。