医院污水处理流程选择是医院污水处理设计的关键，流程是否合理将直接影响处理效果、工程投资、运行费用以及管理安全等问题。确定工艺流程要依据医院的性质、处理要求、排污去向以及技术经济条件等因素，其基本原则是：
一、根据医院污水的排向和处理要求确定医院污水处理的级别。如医院污水是排入城市下水道，则根据《污水排入城市下水道的水质标准》和《医院污水排放标准》要求，可采用一级处理消毒的工艺流程。如污水是直接排入地面水体，则应按《污水综合排放标准》要求进行处理，通常需要用二级处理消毒工艺。如有特殊要求时，甚至需要采用三级处理工艺，如在水源二级保护区以外的地面水三级水域或污水回用时。
二、根据医院污水排出口的标高和所接入的城市下水道的标高之差，确定是采用自排式还是提升式的消毒工艺。高差大于600mm即可以采用虹吸定比自排式消毒工艺，高差较小时可采用超声波自动定比投氯消毒工艺或提升式定比投氯消毒工艺。
三、根据医院性质、规模和技术经济条件选择消毒剂的种类。一般大中型医院推荐使用液氯消毒工艺。在人口稠密的地方可采用次氯酸钠消毒工艺。有条件的传染病医院可采用臭氧消毒工艺、小型医院可采用氯片消毒工艺。四、放射性废水、重金属废水及其他特殊废水应分别采取相应的处理工艺，如放射性废水采旧衰变贮存池处理，重金属废水可采用化学法或离子交换法处理。
MBR医院污水处理工艺
MBR是将膜分离技术与生物反应器结合在一起的新型污水处理工艺。比传统活性污泥工艺中的二沉池，可进行高效的固液分离，克服了传统工艺中出水水质不够稳定、污泥容易膨胀等不足。
MBR的优点：
抗冲击负荷能力强，出水水质优质稳定，可以完全去除SS，对细菌也有很好的截留效果
反应器水力停留时间(HRT)污泥龄(SRT)的完全分离，使运行控更加灵活稳定；生物反应器内微生物量浓度高，可高达10g/L以上，处理装置容积负荷高，占地面积小，减小了硝化所需体积
MBR剩余污泥产量低，甚至无剩余污泥排放，降低了污泥处理费用
利于增殖缓慢的微生物的截留和生长，系统硝化效率提高。可延长一些难降解有机物在系统中的水力停留时间，有利于难降解有机物降解效率的提高
适用范围
适用于300床以下小规模的医院污水处理工程，尤其适用于场地面小、水质要求高等的情况。