无菌微生物实验室广泛应用于制药、食品、医疗、生物安全科研等领域，通过控制空气中的尘埃粒子、浮游菌、沉降菌等污染物的数量，满足生产工艺或科研的需要。洁净室要获得良好的洁净效果，需要规范的设计、严谨的空气净化施工工艺、科学的管理制度共同保证。
 洁净度和及其稳定可靠性是检验无菌微生物实验室的核心标准，根据空气中悬浮粒子浓度分为若干等级：百级(ISO N5级)、千级(ISO N6级)、万级(ISO N7级)、十万级(ISO N8级)等等。按照相关洁净室设计规范，为满足上述等级的洁净要求，无菌室洁净室设计需要注意以下关键点：
 一、送风洁净度。在送风洁净度方面，要想达到要求，关键是净化系统三级过滤器尤其是末端过滤器的性能。而净化系统末端过滤器可选用高效过滤器或亚高效过滤器。根据洁净度要求考虑，十万级及以下级别洁净室通常可选用亚高效过滤器，万级及以上通常选用高效过滤器。
 过滤器选型的时候还要结合洁净室建筑特征、过滤器特性、施工与后期维护等。高效或亚高效过滤器要确保运输、储存、安装过程中密闭、防撞、防尘，先吹扫管道，然后一次性安装到位。
 二、气流组织。洁净室的气流组织与一般空调房间有所不同,它要求将过滤后的空气首先送到洁净受控部位，保护样品或产品，回风或排风口位于污染较大的下风区域，因此，在设计气流组织时应考虑以下几个原则：尽量减少涡流，避免将受控区以外的污染带入受控区；尽量防止灰尘的二次飞扬，以减少灰尘对样品或产品的污染。可根据不同的洁净度要求，选择相应的气流组织形式，比如垂直层流、水平层流、非单向流。
 三、换气次数与压力梯度。充足的通风换气量是为了排除污染空气、稀释尘埃粒子浓度。例如万级(ISO N7级)每小时换气次数应该为15-25次。
 无菌室维持一定的压力梯度是保证其不受或少受外部污染以维持设计洁净度等级必不可少的条件。即使负压洁净室，例如ICU传染病房、生物安全实验室等，也必须设置缓冲间或者正压隔离间，以隔离外部污染、维持核心洁净室的洁净度。