微生物实验室一般由准备室、普通实验室、灭菌室、恒温培养室（如细菌培养室、霉菌培养室、液体培养室、固体培养室等）和无菌室五部分组成。另外要注意的是无菌室和超净工作台是实验室的核心部分，主要为样品提供保护，保证实验结果的准确。
根据工作领域（食品、医疗、药品）和性质（教学、研究、生产、监测等），微生物实验室的装修设计组成和规模也有一定区别，不可同一而论。
一、微生物实验室的组成
微生物实验是主要针对微生物的分离、培育、育种、鉴别、形态、变异、利用、危害等方面进行实验和研究。微生物实验室装修设计一般包括：准备室、微生物培养室、器械消毒及清洗室、纯水室、检测室、菌种室、储藏室等。
二、微生物实验室的平面布局
微生物实验室应设置成独立的区域，与其他实验室分开，门口应设有门禁，非相关人员不可进入，各室根据工作内容合理布局，既方便工作又互不影响。
1. 准备室
准备室用于配备培养基和样品处理等。主要配置有实验台、专柜、冰箱、电炉和电源、上下水道、加热器、蒸锅，洗刷器皿、洗刷用剂等。
2. 普通实验室
普通实验室用于微生物的观察、计数和生理生化测定工作。普通实验室的布局由建设方实际工作需求而定，一般配置以显微镜、实验台、试剂柜等。
3. 灭菌室
灭菌室用于培养基和各种器具的灭菌。主要配置有高压蒸汽灭菌器、烘箱等。
4. 恒温培养室
培养室设计：培养室应有内、外两间，内室是培养室，外室是缓冲室；内外室的室中央都要安装紫外线灯，用以灭菌；安装恒温恒湿机，维持室内温湿度需求；内外室的隔墙上方要设置带空气过滤装置的通风口。
培养室设备用具：内室配备培养架和摇瓶机（摇床）；外室配备专用工作服全套装备、手持喷雾器、5%石炭酸溶液、70%酒精棉球等。
5. 无菌室
菌种的接种移植、纯化在微生物实验中是一项重要操作，无菌室正是为保证菌种纯种、防止杂菌的污染而设置的。
无菌室应有内、外两间，内间无菌室，外间缓冲室。内外间容积宜小不宜大，以便于空气灭菌。
应在内间入口处的上方设置通气窗，有条件的也可安装恒温恒湿机。通气窗*好为双层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式窗扇。
内外间的隔墙上可安装传递窗，以减少人员进出、降低污染。
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